- 南區促進產業發展研究中心
- 海洋科技研究中心
- 水資源研究中心
- 永續智慧電子商務研究中心
- 海洋政策研究中心
- 奈米科技研發中心
- 創意與創新研發中心
- 新興汙染物研究中心
- 數位內容及多媒體技術研究中心
- 毒藥物暨生醫快篩科技研究中心
- 資訊安全研究中心
- 人工智慧研究暨產業推廣中心
- 南島民族社會文化發展中心
- 代謝異常脂肪肝卓越研究中心
- 策略與人力資本研究中心
- 智崴資訊科技發展研究中心
- 日月光聯合技術研究中心
- 海洋永續推動研究中心
- 碳權研究與服務中心
- 工程技術研究推展中心
- 跨文化共生國際漢學研究中心
- 自主無人機與AI 機器人研究中心
